中山大学自贸区综合研究院成立于2015年，是依托国家高端智库——中山大学粤港澳发展研究院，以自由贸易试验区、自由贸易港为主要研究对象的广东省重点智库。

建设自由贸易试验区是以习近平同志为核心的党中央在新时代推进改革开放的重要战略举措。作为全国最早开展自由贸易试验区研究的机构之一，中山大学自贸区综合研究院秉承“服务国家战略，坚持政策研究”的理念，坚持每年发布“中国自由贸易试验区制度创新指数”“中国自由贸易试验区制度创新十佳案例”，编撰出版“自由贸易试验区蓝皮书”，受到从事自由贸易试验区相关研究机构、媒体、智库的广泛关注。